L'image et la réputation mondiale de la Baie sont fortement liées à la qualité de ses paysages. La mer découvre à marée basse  25 000 hectares de grèves qui forment l'écrin du Mont-Saint-Michel. Les près-salés, appelés aussi « herbus », forment la plus vaste étendue de ce type en France.

Les paysages sont d'une grande diversité :  estran, (partie découverte à marée basse),  herbus, dunes, falaises et l'on y trouve une faune multiple.

La baie est le lieu de reproduction et de vie de nombreux poissons (des migrateurs tels que le saumon ou l'anguille), de nombreux oiseaux (les oies sauvages en hiver), de mammifères marins comme le phoque veau marin, qui compte une colonie de 25 à 35 individus, le phoque gris ou le dauphin et d'autres animaux tels que le mouton de prés-salés.

Zone de grand intérêt ornithologique pour la reproduction l'hivernage et halte migratoire pour de nombreuses espèces. 134 espèces d'oiseaux sont ainsi répertoriées.